La mayoría de los arqueólogos modernos e historiadores coincide en que Machu Picchu fue construida por el Inca Pachacútec, el más grande estadista del Tahuantinsuyo, quien gobernó desde 1438 a 1471. Los arqueólogos presumen que la construcción de la ciudadela dataría del siglo XV, aproximadamente, fecha cronológica dada por el carbono 14 o radiocarbono.
La construcción de Machu Picchu corresponde al momento en que el pequeño señorío Inca comenzó a crecer. Según los arqueólogos, en esta zona se libró la última batalla que definió la victoria sobre los chancas, victoria que cubrió de prestigio y otorgó el poder al Inca Pachacútec.
Pachacútec fue el primer Inca en salir más allá del valle del Cusco luego de su épica victoria sobre los chancas. Fue el que llevó a cabo la expansión del Tahuantinsuyo y se le reconoce como el "constructor" del Cusco. Esta fue una de sus más grandes obras.
El origen de Machu Picchu es atribuido con cierta certeza a Pachacútec, aguerrido mandatario, que se caracterizó por sus conquistas territoriales, y el desarrollo de la religión y la espiritualidad. De allí es que hoy los estudios arqueológicos apoyan la teoría de que fue una hacienda real destinada al culto de los dioses y un desafío a las dotes de constructor del gobernante.
Construida como refugio de lo más selecto de la aristocracia incaica, la fortaleza fue ubicada en la vertiente oriental de la cordillera del Vilcanota, a unos 80 km del Cusco, la capital del imperio. Su estratégica situación geográfica fue elegida con admirable acierto. Rodeada de profundos acantilados y alejada de la vista de extraños por una enmarañada selva, la ciudadela de Machu Picchu poseía la cualidad de tener una sola y angosta entrada, lo que permitía, en caso de un ataque sorpresivo, ser defendida por muy pocos guerreros.
Ocupada por lo menos por tres generaciones de Incas, la ciudadela de Machu Picchu fue abandonada en una decisión repentina y misteriosa. Las hipótesis más sólidas explican su desaparición de la memoria histórica en razón de que Machu Picchu era un lugar desconocido para las castas inferiores y sus rutas prohibidas para cualquiera que no formara parte del pequeño círculo del Inca.
Parte de las conquistas de Pachacútec incluyó el valle de Tampu, que a pesar de estar habitada por esa nación hermana del Cusco, no se libró de su férreo dominio. Por su belleza natural, clima benigno (uno de los mejores de los Andes) y rico suelo, Pachacútec fijó en Tampu el asentamiento predilecto de la nueva nobleza imperial, engalanando el valle con varias de las más fastuosas ciudades del Tahuantinsuyo, como Ollantaytambo y Machu Picchu. La elección del sitio para levantar Machu Picchu debió ser hecha con sumo cuidado, pues era, y aún lo es, un lugar perfecto para levantar un centro ceremonial. Se ubicaba, según el investigador Antonio Zapata, en la cadena de montañas más importante por su carácter sagrado, que comienza en el Salcantay (el apu, espíritu mayor) y termina en el Huayna Picchu. Era un lugar privilegiado para observar el movimiento de las estrellas y del sol, divinidades incaicas.
Además, de acuerdo con sus investigaciones, el lugar contaba con una cantera en las cercanías que podía proveer de las más finas piedras de granito blanco.
